台灣拿撒勒人會始於1956年宣教士來台成立教會。於1958年認為有開辦學校訓練青年之必要，因此於台北市五常街開辦神學院。並在1962年用香膏瓶奉獻的17,500美元，購買七英畝(8569坪)的關渡山坡地，就是學校現址進行校園規畫並擴大招生。
    本校首任院長為梅瑞義(R.R. Miller)牧師，初期均由外籍宣教士擔任院長，負責校務運作；之後由林慶東牧師接任院長，也是本校第一任華人院長。至1973年，本校首次頒發學士學位證書。1976年增設宗教教育系；1979開設延伸制課程，擴大對各教會的服事；1997年開設宣教碩士班。
   目前本校設立道學碩士班、基督教研究碩士班及神學學士班，共三個學科。另外針對教會牧養之需要，開設以聖經和宣教為主的信徒領袖科。同時，因應時代的需要，本校之目標為培訓牧養和宣教人才，並以多元化方式強化學生之學習，上課方式結合實體和視訊，讓學生之學習不受空間和交通之限制，可以達到最大之學習效果。
    為了讓學生畢業後可以實際運用所學，本校師資均有博士學位，同時有實際牧會經驗。因而，學生在課堂所學不只是知識性的論述，也有實務性的探討。經由這兩方面的強化，本校畢業生不但可以坐而論道，更可以起而行動，真正成為符合時代需要的神國工人。
  同時，為了讓學生能夠因應多元化社會的需要，本校與台北基督書院合作，推動「雙聯學位計畫」，兩校學生可以互選課程，期望高中職畢業的青年學子，盡早開始回應上帝的呼召並進行職涯探索，接受跨領域的專業訓練，日後可以依照上帝的帶領，在教會或職場以專業能力宣揚福音，見證基督。
    台灣拿撒勒人會神學院是一間訓練神國工人的學校，也是一間反映時代需要的神學院，我們期待有時代福音使命的信徒加入我們。神正在呼召祂的工人，現在就是回應呼召，開始行動的時刻。